福建农业微生物资源非常丰富，细菌类群中有豆科根瘤菌、杀菌(如青虫菌、杀螟杆菌、白僵菌、HD等)、甲烷菌等;放线菌类群有井岗霉素产生菌、土霉素产生菌和“5406”抗生菌等;真菌类群有白僵菌、赤霉菌、蘑菇菌、草菇菌、银耳菌、灵芝菌等。

福建的微生物和大型真菌开发应用研究发展较快，许多方面走在全国前面。如从放线菌类筛选抗生素菌株为主攻内容的福建省微生物研究所，是全国抗生素科研重点单位，庆大霉素等一批应用广泛、高效低毒等抗生素相继研制成功。食用菌、药用菌的许多种类的遗传育种、栽培技术、栽培规模及质量方面也走在全国前列。其中，双孢蘑菇、香菇、银耳、灵芝 ......