该所建于1950年。初为安徽省农业厅水产试验站;1960年更名为安徽省水产研究所;1969年撤销，干部下放劳动;1973年恢复安徽省农林科学院后，改为安徽省农林科学院水产研究所;1978年更为现名。下设养殖、品种和资源等3个研究室，拥有试验池塘4公顷，实验室和工作室1 300平方米及各种仪器设备。

该所现有职工36人，其中科技干部19人，高级研究人员3人，中级研究人员7人。主要从事水产研究及应用开发，致力于把科技成果转化为现实生产力。建所以来，共获各类成果奖18项，其中部、省级二等奖1项、三等奖4项 ......