自治区水利厅在原水管处的基础上成立了新疆水利管理总站，各地、州、县、市均设水利(水电)局(处)，乡镇设水电管理所(站)，17个较大流域(河系)设立了流域(河系)管理机构。全区基本形成了自治区、地、州、市、县(市)、乡镇4级水管机构组织系统。其组织类型有4种：①涉及两个地、州、市的水系，由自治区水利厅直接领导，进行统一管理;②涉及两个县(市)以上的水系，或地方和兵团共用的河系，一般由所在地、州、市领导，进行统一管理;③兵团自建工程，均由兵团组建管理机构;④属于一条渠的河系工程，由渠级组建管理机构。

1995年，全区地方系统由国家管理的各级水管单位有正式职工6 077人， ......