1.植物侵染性病原微生物。上海稻、麦、油菜等农作物各有几到十几种常发、多发侵染性病害，病原微生物包括细菌、真菌和病毒。其中突出的有麦类赤霉、稻瘟、纹枯病和油菜菌核病等，是防病治病夺丰收工作的重要对象。这些病原微生物资源也是进行抗病育种工作的必要条件。上海曾长期承担国内外麦类赤霉病品种抗性鉴定等任务。

2.有益微生物。

(1)食用菌。上海从50年代始开展食用菌菌种采集、驯化、栽培工作。在蘑菇、香菇、木耳等菌种收存和育种工作上取得多批成果，先后育成双孢菇101、102，香菇8001、822、8450、8065、沪农1号、SFL1和SFL2等优良品种。1989年市农科院食用菌所收藏菌种达61属813 ......