重庆市作物研究所始建于1958年，当时的名称是江津专区农试站。1959年底改称江津专区农业科学研究所。1978年改为永川地区农科所。1983年4月，永川地区与重庆市合并，又改为重庆市永川农科所。1985年更名重庆市作物研究所至今。

建所初期，着重引进良种试验推广; 70年代转为自主育种，进行三系杂交育种、辐射育种，科研工作逐步转入正轨; 80年代，由单纯科研型向科技开发型转变，根据科研、生产、行政三条线，实行不同形式的承包责任制，取得了显著成绩。目前，全所有职工163人，其中从事科研的高级技术人员9人、中级技术人员15人、初级技术人员32人。到1990年底，全所科研获奖项目42个，其中 ......