充分利用已有知识和实践经验，对将合成的活性化合物进行化学结构的设计构思。这是新农药创制的第一步。

简史 活性分子设计方法的发展，可分为三个阶段。

已知活性结构修饰法阶段 40～50年代，为活性分子设计的初始时期。农药的活性分子设计，最先受到滴滴涕开发的启示。滴滴涕于1874年合成，1939年发现其杀虫活性，1942年被正式推荐为杀虫剂。由于在美国防治果树害虫表现出卓越效果，引起世界对有机化合物用作农药的巨大兴趣。1944年德国拜耳公司施拉德(G.Schrader)合成了对硫磷(parathion)，此后，将它转换基团合成甲基对硫磷(methylparathion)，又进一步修饰，演变为杀螟硫磷(sumithion)和倍硫磷(fenth ......