根据细菌的表形特征、生理生化特性和血清学反应等方面的相似性、相关性和差异，辅以分子生物学的研究方法将类型各异的细菌依照不同分类单元的顺序进行的系统排列。为了简捷地鉴别某种细菌，常依据某一分类系统，按细菌特性归纳和制定成检索表，便于鉴定时使用。植物病原细菌并不独立于细菌之外，其命名原则、分类方法、分类单元和分类系统与细菌一致。

分类单元 依次为界(Kingdom)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)。在两个主要分类单元之间可增加亚门、亚纲、亚目、亚科、亚属等次要的分类单元，种以下可分为亚种、变种、型等，细菌的最基本分类单元是 ......