亲缘远的个体间的交配，包括种内种间亲缘关系较远的个体之间交配。种间交配又称远缘杂交。

远亲交配的遗传效应恰与近亲繁殖相反，近亲繁殖导致基因型纯合化，而远亲交配则因亲本的基因型差异较大，导致基因型杂合化，以第一代的杂合化程度最大，在自交条件下，基因型杂合逐代减少。例如两个不同的自交系AA和aa杂交，杂种第一代全部个体都是杂合体Aa，杂种二代则为1/4AA：1/2Aa：1/4aa，A和a的基因频率相等，以后保持随机交配的情况下，基因频率和基因型频率保持不变。如果是两个群体交配，一个群体里两个等位基因频率p1和q1(p1+q1)=1，另一个群体里基因频率为p2和q2(p2+q2)=1。两个群体杂交产 ......