大豆的花色、茸毛色等差别显著的质量性状的遗传，是受少数基因控制的质量遗传。已明确了80个质量遗传基因的位点。大豆质量遗传的研究对象，已从形态性状发展到生理生化性状。

荚色遗传 成熟后的豆荚色，受二对基因控制。L1显性基因存在可致黑色荚，l1隐性与L2显性同时存在则为褐色荚，l1和l2两对隐性基因同时存在为草黄色荚，黑色荚(L1 L1 L2 L2)与草黄色荚(l1l1 l2l2)杂交，F2荚色比为黑色12：褐色3：草黄色1。

种皮色及脐色的遗传 经多人研究、补充和修正，大豆遗传学界公认的有关种皮色与脐色遗传主要内容如下：

①黄种皮对绿种皮的遗传：

F1为绿色，F2分离为3(绿)：1(黄)

G： 绿种皮

g： 黄种皮

② ......